Quelles conséquences peut entraîner l’annulation d’une dérogation espèces protégées sur l’exploitation d’une installation classée pour la protection de l’environnement lorsque cette dérogation a, en l’espèce, trouvé exécution ?
Commentaire de Maître Gaëlle PAULIC sous CE, 28 avril 2021, n°440734, Ministre de la Transition Ecologique c/ Société M. (Conclusions Olivier FUCHS, rapporteur public).
Par une décision en date du 28 avril 2021, le Conseil d’Etat est venu préciser les incidences de cette annulation contentieuse et de l’autorité de la chose jugée qui s’y attache, tant au regard de l’autorité préfectorale, en charge de tirer les conséquences de cette annulation en faisant usage des pouvoirs qu’elle détient sur le fondement de l’article L 171-7 du code de l’environnement, que de l’exploitant de l’installation classée.
Par deux arrêtés en date des 29 octobre 2015 et 9 mars 2018, le Préfet du Doubs avait autorisé la société M. à exploiter une carrière de roches calcaires sur le territoire de la commune de Semondans.
Pour permettre cette exploitation et eu égard à la présence d’espèces protégées sur site, le préfet de département avait, par un arrêté du 14 novembre 2014, accordé à la société une dérogation à l’interdiction de détruire, altérer, dégrader des sites de reproduction ou des aires de repos concernant les 29 espèces animales protégées identifiées.
La société avait entamé l’exploitation du site dans sa partie Sud et procédé au décapage total du terrain sur près de 4,5 hectares.
Ce premier arrêté avait été annulé par le Tribunal administratif de Besançon par jugement en date du 21 septembre 2017 et avait donné lieu à l’édiction d’un second arrêté pris en date du 26 décembre 2017 et autorisant la dérogation au principe de protection des espèces protégées identifiées.
Une association, L’association des opposants à la carrière de Semondans (ADOCS), avait demandé l’annulation de ce nouvel arrêté et par un jugement n°1801079 en date du 4 juillet 2019, les magistrats administratifs y avaient fait droit en considérant d’une part que l’arrêté était, comme le premier, insuffisamment motivé[1] et d’autre part, que le projet « d’exploitation de la carrière de Semondans, nonobstant la qualité du gisement en question et l’intérêt économique qu’il représente, ne présente pas un caractère exceptionnel, ni indispensable pour l’approvisionnement en matériaux de qualité du pays de Montbéliard. Alors même que l’arrêté en litige aurait intégré des préoccupations environnementales, le projet ne saurait, par conséquent, être regardé comme constituant une raison impérative d’intérêt public majeur permettant de justifier l’atteinte portée par ce projet au maintien dans un état de conservation favorable des populations d’espèces protégées dans leur aire de répartition naturelle » (cons.7).
En application des dispositions de l’article L.171-7 du code de l’environnement lesquelles disposent, dans leur version en vigueur depuis le 27 juillet 2019, que » I.-Indépendamment des poursuites pénales qui peuvent être exercées, lorsque des installations ou ouvrages sont exploités, des objets et dispositifs sont utilisés ou des travaux, opérations, activités ou aménagements sont réalisés sans avoir fait l’objet de l’autorisation, de l’enregistrement, de l’agrément, de l’homologation, de la certification ou de la déclaration requis en application du présent code, ou sans avoir tenu compte d’une opposition à déclaration, l’autorité administrative compétente met l’intéressé en demeure de régulariser sa situation dans un délai qu’elle détermine, et qui ne peut excéder une durée d’un an /
Elle peut, par le même acte ou par un acte distinct, suspendre le fonctionnement des installations ou ouvrages, l’utilisation des objets et dispositifs ou la poursuite des travaux, opérations, activités ou aménagements jusqu’à ce qu’il ait été statué sur la déclaration ou sur la demande d’autorisation, d’enregistrement, d’agrément, d’homologation ou de certification, à moins que des motifs d’intérêt général et en particulier la préservation des intérêts protégés par le présent code ne s’y opposent », le Préfet du Doubs avait, par arrêté du 4 octobre 2019, mis en demeure la société de déposer un dossier de demande d’autorisation environnementale ou de cesser définitivement son activité et avait prononcé la suspension immédiate du fonctionnement de la carrière dans l’attente de la régularisation de la situation administrative de l’exploitation.
Sollicitant la suspension de cet arrêté devant le juge des référés du tribunal administratif de Besançon, la société faisait valoir que plus aucune autorisation n’était requise au titre de la législation espèces protégées puisque le terrain, correspondant à la phase 1 de l’exploitation de la carrière, avait été entièrement décapé en exécution des dérogations obtenues et que la mise en demeure de déposer un nouveau dossier d’autorisation était ainsi entachée d’une erreur de droit.
Faisant droit à cette argumentation, le juge des référés a ordonné la suspension de l’exécution de l’arrêté préfectoral du 4 octobre 2019 et le Ministère de la Transition écologique s’est pourvu en cassation contre cette ordonnance.
C’est dans ce contexte contentieux et après deux annulations au fond, des arrêtés de dérogation aux espèces protégées délivrés à la société, que le Conseil d’Etat vient préciser les pouvoirs et compétences de l’autorité administrative lorsque ce n’est pas l’autorisation d’exploiter qui a fait l’objet d’une annulation mais la dérogation au principe de protection des espèces prise sur le fondement de l’article L 411-2 du code de l’environnement entièrement exécutée et que ces deux autorisations juridiques délivrées distinctement doivent être considérées comme une autorisation unique du fait de la réforme introduite en 2017 de l’autorisation environnementale unique[2].
Cette articulation des décisions administratives distinctes devenues, de facto, autorisation unique n’est pas nouvelle et le rapporteur public, sous l’arrêt commenté, de rappeler que le Conseil d’Etat avait déjà considéré que l’autorisation environnementale délivrée, que ce soit sur le fondement des installations classées ou de la loi sur l’Eau, était considérée à compter du 1er mars 2017 et des dispositions transitoires de l’ordonnance du 26 janvier 2017 comme une autorisation environnementale et qu’elle peut, dès lors, être contestée en tant qu’elle n’incorpore pas, à la date à laquelle le juge statue, la dérogation aux espèces protégées si celle-ci était légalement requise[3].
Le cadre juridique étant rappelé, il restait alors à en dérouler les conséquences pour l’administration compétente lorsque celle-ci doit se prononcer à raison de l’annulation contentieuse d’une des procédures embarquées par l’autorisation ICPE ou IOTA devenue autorisation environnementale et que cette dernière, du fait de son incomplétude, ne peut être appliquée.
Suivant l’argumentation de son rapporteur public, le Conseil d’Etat, faisant application des dispositions combinées des articles L. 511-1 et 2, L. 411-2, L.181-1 et suivants et L 171-7 du code de l’environnement, fixe ici le régime applicable en assimilant l’incomplétude de l’autorisation environnementale du fait de l’annulation contentieuse d’une des autorisations nécessaires aux travaux, à une exploitation du site irrégulière du fait de l’absence d’une autorisation environnementale et à la possibilité ainsi, pour l’autorité préfectorale, de faire pleinement usage des mesures et sanctions prévues à l’article L 171-7 du code de l’environnement :
« 15. Il résulte de l’ensemble de ces dispositions que, lorsque la dérogation au régime de protection des espèces protégées prévue à l’article L. 411-2 du code de l’environnement et délivrée en vue de permettre l’exploitation d’une installation classée pour la protection de l’environnement, ou la partie de l’autorisation environnementale en tenant lieu, a fait l’objet d’une annulation contentieuse, il appartient au préfet de mettre en œuvre les pouvoirs qu’il tient de l’article L. 171-7 du code de l’environnement précité en mettant l’exploitant en demeure de régulariser sa situation dans un délai qu’il détermine et, le cas échéant, en édictant des mesures conservatoires pouvant aller jusqu’à la suspension de l’exploitation de l’installation en cause jusqu’à ce qu’il ait statué sur une demande de régularisation. Saisi d’une telle demande, il lui appartient d’y statuer en tenant compte de la situation de droit et de fait applicable à la date à laquelle il se prononce, notamment en tirant les conséquences de la décision juridictionnelle d’annulation et de l’autorité de chose jugée qui s’y attache, le cas échéant en abrogeant l’autorisation d’exploiter ou l’autorisation environnementale en tenant lieu ».
Dans le cas présent et une fois le principe de la régularisation de la situation administrative admis, se posait néanmoins la question de savoir, au moment où l’administration aura à se prononcer sur la régularisation de la situation, si une autorisation à déroger était toujours nécessaire du fait de l’exécution des travaux de défrichement et de décapage d’une partie du site et d’appréhender cette problématique sans, ainsi que le rapporteur public le soulevait, entériner la politique « du fait régulièrement accompli mais finalement illégal » et effacer ainsi « toute trace de la séquence passée ».
Donnant plein effet utile aux objectifs de protection poursuivis par les directives communautaires Habitat et Oiseaux, le Conseil d’Etat précise tant les compétences du préfet pour sanctionner en tenant compte des atteintes commises à la biodiversité que la nature des obligations pesant sur l’exploitant à raison des travaux exécutés sur la base de la dérogation avant son annulation contentieuse pour un motif de fond.
« 16. Dans l’hypothèse où, en raison des travaux réalisés notamment sur le fondement de la dérogation au régime de protection des espèces protégées prévue à l’article L. 411-2 du code de l’environnement avant qu’elle ne soit annulée pour un motif de fond, la situation de fait, telle qu’elle existe au moment où l’autorité administrative statue à nouveau, ne justifie plus la délivrance d’une telle dérogation, il incombe cependant au préfet de rechercher si l’exploitation peut légalement être poursuivie en imposant à l’exploitant, par la voie d’une décision modificative de l’autorisation environnementale si elle existe ou par une nouvelle autorisation environnementale, des prescriptions complémentaires. Ces prescriptions complémentaires comportent nécessairement les mesures de compensation qui étaient prévues par la dérogation annulée, ou des mesures équivalentes, mais également, le cas échéant, des conditions de remise en état supplémentaires tenant compte du caractère illégal des atteintes portées aux espèces protégées, voire l’adaptation des conditions de l’exploitation et notamment sa durée »
Ainsi, l’exécution des travaux ayant portés atteinte à des espèces et habitats protégés et l’annulation contentieuse de la dérogation obtenue mais déclarée illégale pour un motif de fond, n’exemptent pas l’exploitant du respect de la règlementation espèces protégées et de la mise en œuvre de l’ensemble des mesures compensatoires, celles prévues par la dérogation annulée comme celles pouvant être nouvellement imposées par l’autorité préfectorale pour tenir compte « du caractère illégal des atteintes portées aux espèces protégées ».
C’est également une invitation à la prudence pour les porteurs de projets soumis, en l’espèce, à procédure d’ autorisation environnementale et les inciter à évaluer les risques de l’exécution des dérogations administratives obtenues en matière d’espèces protégées et de l’exploitation du site dès lors que des recours contentieux sont pendants et leur issue incertaine au regard de la difficulté à justifier d’une raison impérative d’intérêt public majeur de nature sociale ou économique, et ce sous peine d’une éventuelle suspension d’exploiter tant qu’il n’aura pas été statué sur une nouvelle autorisation, sans compter, en outre, les difficultés posées par la remise en état des sites.
Gaëlle PAULIC
Avocate au Barreau de Nantes
[1] Considérant 5 du jugement : « Si l’arrêté du 26 décembre 2017 énonce les raisons pour lesquelles il n’existe pas d’autres solutions alternatives satisfaisantes à l’implantation de cette carrière et mentionne en quoi la dérogation accordée répondrait à des raisons impératives d’intérêt public majeur, l’arrêté contesté se borne à mentionner que « la demande de dérogation ne nuit pas au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces protégées concernées dans leur aire de répartition naturelle ». Par cette affirmation, qui s’abstient de préciser les éléments de fait sur lesquels repose cette appréciation, l’arrêté en litige ne permet pas de s’assurer du respect de ce critère, dès lors, l’arrêté contesté est insuffisamment motivé ».
[2] Ces dispositions, applicables depuis le 1er mars 2017, résultent de l’ordonnance du 26 janvier 2017 relative à l’autorisation environnementale, dont l’article 15 prévoit notamment que : « 1° Les autorisations délivrées au titre (…) du chapitre II du titre Ier du livre V du code de l’environnement dans leur rédaction antérieure à la présente ordonnance (…) sont considérées comme des autorisations environnementales relevant du chapitre unique du titre VIII du livre Ier de ce code, avec les autorisations, enregistrements, déclarations, absences d’opposition, approbations et agréments énumérés par le I de l’article L. 181-2 du même code que les projets ainsi autorisés ont le cas échéant nécessités ; les dispositions de ce chapitre leur sont dès lors applicables, notamment lorsque ces autorisations sont contrôlées, modifiées, abrogées, retirées, renouvelées, transférées, contestées ou lorsque le projet autorisé est définitivement arrêté et nécessite une remise en état ».
[3] CE, 22 juillet 2020, n°429610 : « 7. Il résulte des dispositions citées au point précédent que les autorisations délivrées au titre de la police de l’eau en application de l’article L. 214-3 du code de l’environnement, antérieurement au 1er mars 2017, date d’entrée en vigueur de l’ordonnance du 26 janvier 2017, sont considérées, à compter de cette date, comme des autorisations environnementales. Dès lors que l’autorisation environnementale créée par cette ordonnance tient lieu des diverses autorisations, enregistrements, déclarations, absences d’opposition, approbations et agréments énumérés au I de l’article L. 181-2 du code de l’environnement, dont la dérogation à l’interdiction de destruction d’espèces animales non domestiques et de leurs habitats prévue à l’article L. 411-2 du code de l’environnement, c’est sans erreur de droit que la cour a jugé que l’autorisation environnementale issue de l’autorisation délivrée par le préfet le 17 octobre 2011 au titre de la police de l’eau pouvait être utilement contestée devant elle au motif qu’elle n’incorporait pas, à la date à laquelle elle a statué, la dérogation dont il était soutenu qu’elle était requise pour le projet de travaux en cause. Cependant, après avoir estimé que les travaux autorisés par l’arrêté attaqué étaient susceptibles d’entraîner la destruction ou la mutilation de spécimens d’espèces protégées ainsi que la destruction, l’altération ou la dégradation de leurs sites de reproduction et aires de repos, la cour a commis une erreur de droit en annulant l’autorisation attaquée dans son ensemble au seul motif que cette décision ne comporte pas la dérogation requise en vertu des articles L. 411-1 et L. 411-2 du code de l’environnement, alors que ce motif ne vicie l’autorisation environnementale en litige qu’en tant qu’elle n’incorpore pas cette dérogation, divisible du reste de l’autorisation.
